A Fundação Banco de Olhos de Goiás mantém o Programa de Residência Médica desde 1999. Hoje estudam no Hospital Escola da Fundação 18 residentes que recebem bolsas mensais pagas com recursos do Ministério da saúde. Os médicos residentes realizam consultas no ambulatório e consultório oftalmológico volante, as cirurgias são realizadas com o acompanhamento dos médicos professores. Eles também participam de congressos e palestras. Os trabalhos científicos desenvolvidos pelos residentes durante o período da Residência Médica, são apresentados nos Congressos Brasileiros de Oftalmologia, que acontecem anualmente, e são publicados também na Revista Olho Científico do Brasil, publicação científica da Fundação Banco de Olhos de Goiás.

A Residência Médica do Hospital da Fundação Banco de Olhos de Goiás em 2013, foi reconhecida pelo Conselho Brasileiro de Oftalmologia (CBO), entidade máxima científica da especialidade no país. Agora faz parte do seleto grupo de cursos de pósgraduação credenciados ao CBO. Os residentes, ao final do período de estudos e aprendizado da especialização, poderão realizar a prova para obter o título de especialista pelo CBO, pela Fundação Banco de Olhos.