A Fundação Banco de Olhos de Goiás mantém o Programa de Residência Médica desde 1999.
Hoje estudam no Hospital Escola da Fundação nove residentes. Cada residente recebe uma bolsa mensal paga com recursos da Fundação.

Os médicos residentes, acompanhados de seus STAFS, realizam consultas e cirurgias.

Em fevereiro de 2006, durante o XXX Congresso Mundial de Oftalmologia, realizado em São Paulo-SP, os residentes tiveram seus trabalhos aprovados e expostos durante o evento. Isso prova a qualidade e a boa formação que a Fundação Banco de Olhos de Goiás oferece aos seus residentes. A FUBOG também realiza anualmente a Jornada Científica e o Encontro de Ex-residentes e Estagiários da Fundação, para promover a troca de experiências e o cultivo de novos conhecimentos sobre a oftalmologia.